I due tipi di microscopia menzionati sopra differiscono nella quantità di ingrandimento raggiunto che è legato alla lunghezza d'onda. La radiazione luminosa e la radiazione di elettroni si propagano entrambe in onde. Con la radiazione luminosa vediamo colori diversi a seconda della lunghezza dell'onda. Il blu, per esempio, ha una lunghezza d'onda molto corta e il rosso una molto lunga. Semplificando potremmo immaginare il colore blu come capelli strettamente arricciati e il rosso come onde naturali quasi lisce e sciolte. Tuttavia i nostri occhi possono percepire solo una piccola parte di tutte le lunghezze d'onda. La luce UV che è invisibile per noi ha una lunghezza d'onda ancora più corta del colore blu e ancora molto al di sotto di questa lunghezza d'onda troviamo la radiazione di elettroni. A causa della piccola lunghezza d'onda della radiazione degli elettroni oggetti molto più piccoli possono essere resi visibili.
Spiegazione per i bambini: il microscopio ottico usa la radiazione luminosa e il microscopio elettronico usa la radiazione elettronica. Il fatto che si possano osservare strutture molto più piccole con il microscopio elettronico è legato alla lunghezza d'onda. Entrambi i tipi di radiazioni si comportano in modo simile - si propagano in onde. Quando disegniamo un sole di solito disegniamo delle linee come raggi solari. Ma questo non è del tutto corretto, perché in realtà i raggi solari e anche i raggi di elettroni sono ondulati come i capelli ricci. La lunghezza d'onda descrive la distanza da un'onda all'altra. Quindi, se i capelli sono molto ricci la lunghezza d'onda è corta perché l'onda successiva non è lontana dall'ultima. Se i capelli sono solo leggermente ondulati la lunghezza d'onda è molto lunga perché ci vuole molto tempo perché arrivi l'onda successiva. Il problema della microscopia ottica è che le lunghezze d'onda della luce visibile per noi sono relativamente lunghe (380 - 780 nanometri). Se ora vogliamo guardare qualcosa che ha solo 250 nanometri di dimensione, per esempio, la luce non può catturare la creatura e produrre un'immagine. Ecco perché usiamo il microscopio elettronico per strutture molto piccole perché la radiazione degli elettroni ha una lunghezza d'onda molto più piccola.